卓越工程师是国家战略人才力量的重要组成部分。习近平总书记在中央人才工作会议上强调指出，“要培养大批卓越工程师，努力建设一支爱党报国、敬业奉献、具有突出技术创新能力、善于解决复杂工程问题的工程师队伍”。在首届国家卓越工程师评选中，河海大学有4位校友被授予“国家卓越工程师”称号或“国家卓越工程师团队”负责人，当选人数位居全国前列。

2023年，学校成立卓越工程师学院。学院依托学校优势学科，聚焦水安全战略急需，重点围绕新能源发电与多能互补、涉水先进材料与智能制造、数字孪生与智慧水网三大领域方向实施“五大卓越计划”，即遴选卓越导师、联合卓越项目、制定卓越方案、创建卓越平台、培养卓越学生。2024年，学校获批江苏省卓越工程师学院。

学院在常州校区启用实验平台用房32000㎡，联合行业领军企业共建“新能源发电与多能互补并网运行”、“涉水新材料与智能制造”、“数字孪生与智慧水网”3大工程师技术中心，建设先进结构材料工程研究大楼、智能建造与机器人创新创业实训大楼、绿色低碳的多能互补与并网运行实验综合大楼、水工程智能检测与修复综合实验大楼等实训实验平台，重点发展新兴学科。通过校企共同招生、共同培养、共同选题、共享成果和师资互通、课程打通、平台融通、政策畅通的“四共四通”机制，致力于培养具备系统思维和全球战略视野、具有突出工程技术创新能力、善于解决复杂工程技术问题和“卡脖子”难题的高素质交叉复合型工程人才。

学院实行理事会负责制，理事会成员单位包括长江三峡集团、南水北调集团、华能江苏、南瑞集团等行业领军企业。